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https://tedebc.ufma.br/jspui/handle/tede/tede/4816
Tipo do documento: | Dissertação |
Título: | Modelagem metabólica da cianobactéria Geminocystis sp. GBBB08, isolada no Parque Nacional da Chapada das Mesas, Maranhão |
Título(s) alternativo(s): | Metabolic modeling of the cyanobacterium Geminocystis sp. GBBB08, isolated from Chapada das Mesas National Park, Maranhão |
Autor: | RIBEIRO, Igor Santana |
Primeiro orientador: | DALL'AGNOL, Leonardo Texeira |
Primeiro coorientador: | LIMA, Alex Ranieri Jerônimo |
Primeiro membro da banca: | DALL’AGNOL, Leonardo Texeira |
Segundo membro da banca: | DALL’AGNOL, Hivana Patricia Melo Barbosa |
Terceiro membro da banca: | CARVALHO, Lucas Miguel de |
Quarto membro da banca: | SHISHIDO, Tania Keiko |
Resumo: | As ferramentas de bioinformática para a análise de predição de dados ômicos têm crescido exponencialmente aliadas ao avanço das novas tecnologias de sequenciamento e da computação. Modelos em escala genômica são instrumentos eficazes para a engenharia metabólica e investigação das redes metabólicas. Porém, essas reconstruções podem demandar muito tempo para abordagens mais amplas, e sua qualidade é dependente do conjunto de características bioquímicas e fenotípicas a serem avaliadas, além dos dados disponíveis sobre o grupo em estudo. Nesse trabalho utilizamos a integração da análise mineração de genoma (antiSMASH e MIBiG) para descoberta devia biossintéticas de produtos naturais aliado a ferramentas de reconstrução metabólica em escala genômica (CarveMe) do genoma da cianobactéria Geminocystis sp. GBBB08. As análises comparativas levaram a reprodução in silico da via de produção de Terpeno (Não – Melavonato) com a análise de balanço de fluxo a fornecer características metabólicas para a biossíntese dos terpenóides envolvidos. Além disso, foi identificado agrupamentos gênicos biossintéticos de anabaenopeptina e de heptadeceno. De modo geral, o genoma da Geminocystis sp. GBBB08 fornece dados importantes ao potencial metabólico do gênero com uma abordagem in silico para uma via metabólica frequente e de relevância econômica como a dos terpenóides. As análises comparativas em abordagem de mineração genômica e biologia de sistemas podem favorecer a reconstrução de redes metabólicas e levar a uma compreensão melhor do metabolismo e seu potencial biotecnológico. |
Abstract: | Bioinformatics tools for predictive analysis of omic data have grown exponentially together with the advancement of new sequencing and computing technologies. Genomic scale models are effective tools for metabolic engineering and investigation of metabolic networks. However, these reconstructions can demand a lot of time for broader approaches, and their quality depends on the set of biochemical and phenotypic characteristics to be evaluated, in addition to the available data on the group under study. In this work, we used the integration of genome mining analysis (antiSMASH and MIBiG) for the discovery of biosynthetic natural products combined with genomic-scale metabolic reconstruction tools (CarveMe) of the genome of the cyanobacterium Geminocystis sp. GBBB08. Comparative analyzes led to the in silico reproduction of the Terpene (Non-Melavonate) production pathway with the flow balance analysis providing metabolic characteristics for the biosynthesis of the terpenoids involved. In addition, biosynthetic gene clusters of anabaenopeptin and heptadecene were identified. In general, the genome of Geminocystis sp. GBBB08 provides important data on the metabolic potential of the genus with an in silico approach to a frequent and economically relevant metabolic pathway such as terpenoids. Comparative analyzes in a genomic mining approach and systems biology can favor the reconstruction of metabolic networks and lead to a better understanding of metabolism and its biotechnological potential. |
Palavras-chave: | Mineração genômica; engenharia metabólica; modelo metabólico em escala genômica; reconstrução baseada em restrições; Flux Balance Analysis. Genome mining, metabolic engineering; genome-scale metabolic model; constraint-based reconstruction; FBA. |
Área(s) do CNPq: | Genética Ciências Biológicas |
Idioma: | por |
País: | Brasil |
Instituição: | Universidade Federal do Maranhão |
Sigla da instituição: | UFMA |
Departamento: | DEPARTAMENTO DE BIOLOGIA/CCBS |
Programa: | PROGRAMA DE PÓS-GRADUAÇÃO EM OCEANOGRAFIA |
Citação: | RIBEIRO, Igor Santana. Modelagem metabólica da cianobactéria Geminocystis sp. GBBB08, isolada no Parque Nacional da Chapada das Mesas, Maranhão. 2022. 66 f. Dissertação (Programa de Pós-Graduação em Oceanografia) - Universidade Federal do Maranhão, São Luís, 2022. |
Tipo de acesso: | Acesso Aberto |
URI: | https://tedebc.ufma.br/jspui/handle/tede/tede/4816 |
Data de defesa: | 31-Out-2022 |
Aparece nas coleções: | DISSERTAÇÃO DE MESTRADO - PROGRAMA DE PÓS-GRADUAÇÃO EM OCEANOGRAFIA |
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Arquivo | Descrição | Tamanho | Formato | |
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IGORSANTANARIBEIRO.pdf | Dissertação de Mestrado | 4,97 MB | Adobe PDF | Baixar/Abrir Pré-Visualizar |
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