Exportar este item: EndNote BibTex

Use este identificador para citar ou linkar para este item: https://tedebc.ufma.br/jspui/handle/tede/tede/4717
Registro completo de metadados
Campo DCValorIdioma
dc.creatorSOEIRO, Yuri Ramos Menezes Santos-
dc.creator.Latteshttp://lattes.cnpq.br/3830322197333964por
dc.contributor.advisor1VARELA JUNIOR, Jaldyr de Jesus Gomes-
dc.contributor.advisor1Latteshttp://lattes.cnpq.br/5125904184711352por
dc.contributor.referee1VARELA JUNIOR, Jaldyr de Jesus Gomes-
dc.contributor.referee1Latteshttp://lattes.cnpq.br/5125904184711352por
dc.contributor.referee2SANTOS, Alberto Monteiro dos-
dc.contributor.referee2Latteshttp://lattes.cnpq.br/5437289296929126por
dc.contributor.referee3LIMA, Roberto Batista de-
dc.contributor.referee3Latteshttp://lattes.cnpq.br/4982744838486744por
dc.date.accessioned2023-05-23T19:22:58Z-
dc.date.issued2023-03-27-
dc.identifier.citationSOEIRO, Yuri Ramos Menezes Santos. Aplicação de métodos de dinâmica molecular e QM/MM no estudo reacional da enzima lisina metiltransferase G9a. 2023.52 f. Dissertação (Programa de Pós-Graduação em Química/CCET) - Universidade Federal do Maranhão, São Luís, 2023.por
dc.identifier.urihttps://tedebc.ufma.br/jspui/handle/tede/tede/4717-
dc.description.resumoA epigenética é a área de conhecimento responsável por examinar o comportamento dos genes e como eles reagem diante de inúmeros fatores que estão presentes ao logo da vida do indivíduo. Uma das maneiras de realizar esse tipo de estudo é por meio do método de dinâmica molecular (DM) o qual é muito utilizado em sistemas com características biológicas permitindo que os sistemas replicados computacionalmente se assemelhem a situação biológica real. Neste trabalho foi investigado os mecanismos de reação e atividade da enzima lisina metiltransferase (MT) G9a por meio de simulações de dinâmica molecular. Foram analisadas mutações que a histona 3 lisina 9 (H3K9) pode sofrer por conta dos mecanismos epigenéticos, e calculados os valores de energia livre referente a cada uma dessas mutações, também foi verificada a distância média da H3K9 e suas mutações em complexo com a MT G9a e o comportamento reacional dos sistemas mutantes. Para o desenvolvimento do trabalho foram usadas estruturas obtidas do Protein Data Bank para utilização das estruturas utilizadas ao longo da pesquisa onde essas estruturas/sistemas foram tratadas com o campo de força CHARMM32 e simulados no software AMBER. Cinco sistemas foram construídos: H3K9 nativo e mutantes: H3K9M, H3K9A, H3K9I e H3K9Nle. Foram realizadas diferentes analises com o intuito de verificar qual desses mutantes se destacaria quando em complexo com a enzima G9a e consequentemente a inibição do processo de metiltransferase relacionado ao processo de neoplasia. Os resultados dos primeiros 150ns de dinâmica molecular mostram que os mutantes H3K9M e H3K9I apresentaram complexos mais estáveis, cálculos de energia livre usando MM/PBSA e MM/GBSA apontaram novamente as mutações H3K9M e H3K9I como as mais energicamente favoráveis. Esses resultados estão de acordo com as observações experimentais disponíveis na literatura. Sendo assim a lisina 9 com a mutação da metionina e da isoleucina podem atuar como inibidores eficientes da enzima G9a, posteriormente podendo ocasionar problemas como o câncer.por
dc.description.abstractEpigenetics is the area of knowledge responsible for examining the behavior of genes and how they react to numerous factors that are present throughout the individual's life. One way to perform this kind of study is through the molecular dynamics (MD) method, which is widely used in systems with biological characteristics, allowing computationally replicated systems to resemble the real biological situation. In this work we investigated the reaction mechanisms and activity of the enzyme lysine methyltransferase (MT) G9a by means of molecular dynamics simulations. The mutations that histone 3 lysine 9 (H3K9) can suffer due to epigenetic mechanisms were analyzed, and the free energy values for each one of these mutations were calculated. The average distance of H3K9 and its mutations in complex with the MT G9a and the reaction behavior of the mutant systems were also verified. For the development of the work, structures obtained from the Protein Data Bank were used to utilize the structures used throughout the research where these structures/systems were treated with the CHARMM32 force field and simulated in AMBER software. Five systems were constructed: H3K9 native and mutants: H3K9M, H3K9A, H3K9I and H3K9Nle. Different analyses were performed in order to verify which of these mutants would stand out when in complex with the G9a enzyme and consequently the inhibition of the methyltransferase process related to the neoplasm process. The first 150ns molecular dynamics results show that the H3K9M and H3K9I mutants showed more stable complexes, free energy calculations using MM/PBSA and MM/GBSA again pointed out the H3K9M and H3K9I mutations as the most energetically favorable. These results are in agreement with experimental observations available in the literature. Thus lysine 9 with the methionine and isoleucine mutation can act as efficient inhibitors of the G9a enzyme, subsequently leading to problems such as cancer.eng
dc.description.provenanceSubmitted by Daniella Santos (daniella.santos@ufma.br) on 2023-05-23T19:22:58Z No. of bitstreams: 1 Yuri_Ramos.pdf: 893400 bytes, checksum: c0acc32af56f29b708b40d891750d53c (MD5)eng
dc.description.provenanceMade available in DSpace on 2023-05-23T19:22:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Yuri_Ramos.pdf: 893400 bytes, checksum: c0acc32af56f29b708b40d891750d53c (MD5) Previous issue date: 2023-03-27eng
dc.description.sponsorshipFAPEMApor
dc.formatapplication/pdf*
dc.languageporpor
dc.publisherUniversidade Federal do Maranhãopor
dc.publisher.departmentDEPARTAMENTO DE QUÍMICA/CCETpor
dc.publisher.countryBrasilpor
dc.publisher.initialsUFMApor
dc.publisher.programPROGRAMA DE PÓS-GRADUAÇÃO EM QUÍMICA/CCETpor
dc.rightsAcesso Abertopor
dc.subjectdinâmica molecular;por
dc.subjecthistona 9;por
dc.subjectmetiltransferase;por
dc.subjectmolecular dynamics;por
dc.subjecthistone 9;eng
dc.subjectmethyltransferase.eng
dc.subject.cnpqQuímicapor
dc.titleAplicação de métodos de dinâmica molecular e QM/MM no estudo reacional da enzima lisina metiltransferase G9apor
dc.title.alternativeApplication of molecular dynamics and QM/MM methods in the reactional study of the enzyme lysine methyltransferase G9aeng
dc.typeDissertaçãopor
Aparece nas coleções:DISSERTAÇÃO DE MESTRADO - PROGRAMA DE PÓS-GRADUAÇÃO EM QUIMICA

Arquivos associados a este item:
Arquivo Descrição TamanhoFormato 
Yuri_Ramos.pdfDissertação de Mestrado872,46 kBAdobe PDFBaixar/Abrir Pré-Visualizar


Os itens no repositório estão protegidos por copyright, com todos os direitos reservados, salvo quando é indicado o contrário.