O Programa de Pós-Graduação em Ensino em Ciência e Matemática tem por objetivo capacitar graduados em cursos de Biologia, de Física, de Química, de Matemática e de Ciências Naturais para atuação no ensino superior, na educação básica e no desenvolvimento de pesquisas na área de Ensino alinhadas com as necessidades contemporâneas. O Mestrado é na modalidade acadêmico e na área de concentração Ensino de Ciência e Matemática. O Programa está vinculado à Universidade Federal do Maranhão, junto ao Centro de Ciências Exatas e Tecnologia (CCET), no Campus Dom Delgado, em São Luís. O regime letivo é anual e o regime acadêmico é semestral. O corpo docente está constituído por 11 professores, sendo nove permanentes e dois colaboradores. Recomendado pela CAPES, em 12/12/2014, com nota três, o Programa de Pós-Graduação em Ensino de Ciências e Matemática lançou o primeiro edital para inscrições ao Mestrado em 25/05/2015 e as aulas tiveram início em 24/08/2015. O segundo edital foi lançado em 01 de março de 2016, e, para a nova turma formada, as aulas terão início em 22 de agosto de 2016.